Después de ver errores durante el inicio de ubuntu, me decidí a hacerle un fsck. El problema es que mientras esta funcionanado el sistema operativo, el sistema de archivos esta montado y no puede hacerlo. Por tanto hay que hacer el fsck cuando esta arrancando el sistema operativo. Se puede hacer de dos maneras.
Forzar fsck para el próximo inicio

shutdwon -F

o también

touch /forcefsck

Después de reparar los errores se borrará automáticamente el archivo forcefsck.

Para omitir la comprovación es con minúsculas

shutdown -f

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